L'origine du mot Beagle est incertaine. Il est possible qu’il s’agisse d’un dérivé du mot français « bégueule », qui signifie « gorge ouverte », ou bien du mot celtique « beag », qui veut dire « petit ». Une autre piste repose sur le mot allemand « begele », qui signifie gronder. Quoi qu’il en soit, le terme semble avoir été utilisé pour la première fois au 15ème siècle dans le Livre de Saint Alban de Juliana Berners. Il était alors employé pour désigner une population assez hétérogène de chiens de petite taille servant pour la chasse au lièvre en Angleterre.
L'histoire de la race est tout aussi floue que son nom. En effet, le Beagle tel que nous le connaissons aujourd'hui n’a vraiment été développé qu’à partir du 19ème siècle, mais on ne sait que peu de choses sur les périodes antérieures. Quelques documents grecs datant d’environ 400 avant J.-C. décrivent toutefois des petits chiens courants ressemblant fort au Beagle moderne. Guillaume le Conquérant aurait pour sa part emmené en Angleterre, lors de la conquête normande de 1066, des Talbots (un chien d’origine française ou belge au pelage presque entièrement blanc, proche du Chien de Saint-Hubert mais aujourd'hui disparu). Ces chiens seraient sûrement les ancêtres du Beagle et du Foxhound.
Les chiens de chasse devinrent populaires en Angleterre après leur importation depuis la France vers le 11ème siècle, et servaient à répondre aux besoins de la cour pour la chasse. Sous les règnes d'Édouard II (1307 - 1327) et d'Henry VII (1485 - 1509), les très petits « Beagles » que l’on pouvait tenir dans une main gantée, appelés « Glove Beagles », étaient très répandus. Plus tard, le terme « Singing Beagles » fut employé par Elizabeth I (1533 – 1603) pour désigner des chiens qu’elle possédait, qui se distinguaient par leur voix bruyante, leur taille d’à peine plus d’une vingtaine de centimètres de hauteur et leur nez court et pointu. Représentés dans différentes peintures, ils furent surnommés en France les « Beagles Elizabeth ». Cette race est aujourd’hui disparue.
Au 18ème siècle, la chasse au renard devint très populaire en Angleterre, mais le grand Foxhound fut préféré au petit Beagle, qui n’était pas assez rapide. De fait, si les fermiers d'Angleterre, d'Irlande et du Pays de Galles n’avaient pas continué à garder ces petits chiens pour chasser le lapin et le lièvre, la race aurait sûrement disparu à cette époque.
Dans les années 1830, le révérend Philippe Honeywood fonda une meute de Beagles dans le comté d’Essex, en Angleterre. Il est très probable que ces chiens sont les ancêtres de celui que l'on connaît aujourd'hui. Destinés uniquement à la chasse, ils étaient très petits (environ 25 cm au garrot) et totalement blancs. Son compatriote Thomas Johnson créa de son côté le premier élevage de Beagles visant à concilier à la fois des critères pratiques et esthétiques ; autrement dit, il entendait donner naissance à des chiens à la fois bons chasseurs et beaux.
C’est à 1884 que remonte la première présentation de la race au public lors d’une exposition canine en Angleterre. Un club de race, le Beagle Club of England, fut fondé six ans plus tard, en 1890. Il finalisa en 1895 un standard qui servit de base à l’occasion de la reconnaissance officielle de la race par le Kennel Club, l’organisme canin de référence dans le pays. Le standard n’a d’ailleurs que peu évolué par la suite : la race est restée dans l’ensemble presque inchangée depuis cette époque.
Quoi qu’il en soit, elle ne devint vraiment populaire dans son pays d'origine qu’après la Seconde Guerre mondiale : un seul Beagle était enregistré au Kennel Club en 1945, mais ils étaient déjà plus de 2500 en 1962.
Dès le milieu du 19ème siècle, des éleveurs américains commencèrent à importer des Beagles d'Angleterre afin d’améliorer l'apparence de leurs propres chiens. Les Beagle anglais avaient alors une hauteur moyenne de 38 à 43 cm à l’épaule, idéale pour chasser le renard.
À partir des individus importés, les éleveurs américains commencèrent un programme de reproduction et de sélection visant une taille plus petite, afin de rendre ces chiens aptes à la chasse au lapin. Vers 1880, à New York, Willet Randall développa une souche connue sous le nom de « patch hound ». Les individus appartenant à cette lignée étaient principalement blancs, mais arboraient aussi une très grande tâche tricolore. Ils étaient particulièrement populaires dans les années 1940 et 1950. Aujourd'hui, beaucoup de gens appellent "patchs" les Beagles lemon, blancs ou rouges, qui au passage ne sont plus forcément tachetés.
Le premier club de race du Beagle, le National Beagle Club of America, fut fondé en 1884. Cette année marqua également la création de l'American Kennel Club (AKC), devenu depuis l’organisme canin de référence des États-Unis. Le Beagle fit partie de la vingtaine de races qu’il reconnut dès son lancement.
Le Beagle fut introduit en France dans la seconde moitié du 19ème siècle, et devint rapidement le chien le plus recherché pour la petite vénerie. Pourtant, le Club Français du Beagle ne fut fondé qu’en 1914. Comme à l’époque des pionniers anglais de la race un demi-siècle plus tôt, la plus grande difficulté fut alors de parvenir à des lignées à la fois belles et efficaces à la chasse.
En tout cas, cet engouement ne fut pas partagé par tous : alors que certains pays d’importance avaient donc ouvert la voie depuis longtemps, la Fédération Cynologique Internationale (FCI), pourtant fondée en 1911, ne reconnut le Beagle qu’en 1955.
