L’île mystérieuse relate la vie sur une île déserte d’un groupe de naufragés nordistes au moment de la guerre de Sécession américaine (1861-1865).
Comme l’indique le titre du roman, l’île dans laquelle ils survivent est étrange. Il s’y produit des faits inexplicables, et même si elle offre une protection toute particulière à ses habitants, ceux-ci ont la troublante impression d’être épiés.
Top est le chien de chasse anglo-normand de l’un des naufragés, l’ingénieur Cyrus Smith. Il lui est très fidèle et le suit dans toutes ses aventures au sein de l'île...