Les premiers Boxers apparurent en Allemagne au 19ème siècle. Ils étaient les héritiers d’une race de molosse aujourd’hui disparue, nommée Bullenbeisser (« mordeur de taureau »). Ces chiens imposants étaient utilisés pour la chasse au grand gibier depuis le Moyen Age. Ils pourchassaient sangliers et cerfs puis les attrapaient dans leur puissante mâchoire pour les immobiliser jusqu’à l’arrivée des chasseurs. Toutefois, ils perdirent peu à peu leur place comme chasseurs auprès des grands propriétaires terriens et commencèrent à travailler auprès des fermiers et des bouchers pour guider le bétail.
La volonté d’obtenir des sujets plus rapides fit que cette race diminua en taille. Ce fut le cas notamment dans le nord de la Belgique, où apparut le Bullenbeisser du Brabant, un chien de chasse qui est l’ancêtre du Boxer actuel. En effet, il fut croisé au 19ème siècle avec le Bulldog Anglais pour donner naissance aux premiers Boxers, qui héritèrent de la mâchoire carrée du Bulldog.
En 1886, George Alt, résidant à Munich (Allemagne), fut la première personne à entamer un programme d’élevage de la race. Il commença avec une femelle Bullenbeisser importée de France nommée Flora, et un représentant d’une race locale déjà nommée Boxer. Leurs descendants sont à l’origine des Boxers actuels.
A la fin du 19ème siècle, trois éleveurs allemands du nom de Friedrich Robert, Richarch Höpner et Elard König décidèrent de stabiliser la race. C’est notamment dans ce but qu’ils créèrent en 1895 le premier club de race, le Deutscher Boxer Club. Dès l’année suivante, c'est-à-dire en 1896, des spécimens furent présentés pour la première fois lors d’une exposition canine à Munich. Un mâle nommé Flocki remporta le titre et devint le premier Boxer à être officiellement inscrit dans les registres.
L’origine du nom de la race est toutefois inconnue, et sujette à de nombreuses interprétations. Il est souvent dit qu’il vient d'une supposée propension de ce chien à se redresser sur ses pattes arrière pour lutter avec ses congénères à l’aide de ses pattes avant. Cependant, tout propriétaire de Boxer a de quoi être circonspect devant une telle explication, constatant rapidement que son compagnon n’est en rien un kangourou. Au demeurant, des éleveurs ont démontré que ce chien a de fait moins tendance à utiliser ses pattes que certains de ses congénères.
Une explication plus plausible est qu’il s’agit d’une déformation du mot Boxl, qui signifie « pantalon de peau » dans le dialecte bavarois et était le surnom donné aux Bullenbeisser. Une autre théorie veut que le nom vienne de Bierboxer, comme étaient appelés les chiens qui traînaient près des Biergarten (brasseries en plein air) en quémandant des restes de nourriture.
Quoi qu’il en soit, le premier standard de la race fut rédigé en 1904 par le Deutscher Boxer Club.
Lors de la Première Guerre mondiale, le Boxer joua un rôle important sur le front, puisque nombre de représentants de la race furent employés comme chiens de guerre par l’armée allemande. Messagers, sentinelles, convoyeurs de ravitaillement… : les différents usages qui furent les leurs mirent en lumière les qualités de la race et contribuèrent grandement à la faire connaître dans son pays d'origine.
Le Boxer fut reconnu dès 1904 par l’American Kennel Club (AKC), l'organisme cynologique américain de référence, mais sa diffusion demeura limitée en dehors de son pays d'origine.
Son utilisation par les forces allemandes pendant la Première Guerre mondiale fut même à double tranchant : certes, elle contribua à le faire connaître et à montrer sa polyvalence, mais elle eut aussi paradoxalement pour effet de limiter son essor en Amérique du Nord et dans le reste de l’Europe après la conflit, tant le ressentiment antigermanique était grand à l'époque.
Les choses changèrent rapidement à la fin de la Seconde Guerre mondiale, lorsque de nombreux soldats américains ramenèrent au pays des Boxers, car nombre de régiments en avaient adopté un comme mascotte. Le United Kennel Club (UKC), l’autre organisme américain de référence, reconnut à son tour la race en 1948. Un an avant, un club de race avait été fondé au Canada.
Elle obtint également la reconnaissance de la Fédération Cynologique Internationale (FCI) en 1955. Ceci fut également décisif, car la FCI coordonne les institutions canines d'une centaine de pays, dont celles de la France (la Société Centrale Canine, ou SCC), la Belgique (la Société Royale Saint-Hubert, ou SRSH) et la Suisse (la Société Cynologique Suisse, ou SCS).
Dès lors, le développement de la race s’accéléra fortement, au point qu’elle est devenue aujourd'hui l’une des plus répandues au monde. Elle est d'ailleurs reconnue par l'ensemble des principaux organismes canins aux quatre coins de la planète.
