Le Shiba Inu est une race de chien très ancienne, et probablement celle apparue au Japon il y a le plus longtemps parmi les six races anciennes originaires du pays.
Son origine exacte n’est pas clairement déterminée, mais ses ancêtres lointains auraient accompagné les premiers humains arrivés au Japon (en provenance de l’actuelle Chine ou Corée), aux alentours de 7000 ans avant J.-C. Des fouilles archéologiques ont en effet permis de découvrir des monticules de coquillage laissés par le peuple jômon, et c’est sur certains de ces coquillages que furent découverts des représentations de petits chiens ressemblant quelque peu au Shiba tel qu’on le connaît de nos jours. Des ossements canins ont également été retrouvés, et les analyses et études scientifiques dont ils ont fait l’objet ont permis d’établir que les chiens dont ils proviennent présentaient d’importantes différences avec les premiers chiens européens.
Bien plus tard, aux alentours du 3ème siècle avant J.-C., un nouveau peuple, provenant sans doute de l’actuelle Mongolie, arriva à son tour sur le territoire japonais. Il amena avec lui d’autres chiens qui, se reproduisant avec les descendants des chiens des Jomon, donnèrent naissance à ce qui devint plus tard le Shiba Inu. Les chiens issus de ces croisements étaient surtout utilisés pour la chasse, et en particulier pour la traque d’oiseaux, de petit gibier et de sangliers, dans le centre du Japon.
Le Shiba Inu porte son nom depuis l’Antiquité, et il existe de nombreuses théories concernant l’origine de ce dernier. La plus populaire - et plausible - est basée sur la signification du mot japonais « shiba », qui signifie « broussaille ». Il aurait en effet été nommé de la sorte en référence aux buissons et broussailles dans lesquels il avait l’habitude de chasser. Une autre explication est qu’il s’appelle ainsi car il est souvent de la même couleur que les feuilles et broussailles en automne, c’est-à-dire roux. Une troisième explication repose sur une ancienne signification du mot « shiba », qui faisait référence à quelque chose de petite taille.
Pour mettre tout le monde d’accord, le Shiba Inu est souvent surnommé « Petit chien des broussailles ». En effet, « inu » signifie « chien » en japonais.
Au 7ème siècle après J.-C., la cour de Yamato établit un bureau spécifique ayant pour but à la fois de contrôler et développer les races de chien japonaises, mais aussi de leur donner une place importante dans la culture du pays. C’est notamment grâce à ce travail que la race continua son chemin sans problème particulier au fil des années, jusqu’au milieu du 16ème siècle.
C’est en effet à cette époque que les premiers Européens arrivèrent au Japon, avec des armes à feu, des missionnaires chrétiens et quelques chiens de type terrier ainsi que des Matins de Naples. Cette période d’ouverture vers la culture européenne fut de courte durée : en 1616, Hidetada Tokugawa, le deuxième shogun de la dynastie éponyme, décida de chasser les Européens et de fermer son pays. L’isolement perdura plus de 200 ans, mais les chiens européens présents restèrent sur le territoire et se croisèrent avec les chiens locaux. Cependant, les lignées autochtones se situant dans les campagnes restèrent relativement pures, si bien qu’elles conservèrent leurs traits d’origine.
Entre 1868 et 1912, alors que le Japon s’était de nouveau ouvert à l‘extérieur suite à la restauration Meiji, la chasse se transforma en loisir. Des chiens de chasse comme le Setter Anglais ou le Pointer Anglais furent importés dans le pays. Du fait de leur tempérament moins nerveux et de leurs meilleures qualités de chasseurs, ils prirent rapidement la place de la race locale dans le cœur des pratiquants, et bon nombre d’éleveurs tournèrent le dos au Shiba. De nombreux croisements entre Shibas, Setters et/ou Pointers eurent lieu, et certains des chiots obtenus furent également utilisés pour les combats de chiens, très en vogue à l’époque. Le Shiba Inu se raréfia rapidement, si bien qu’il fut sur le point de s’éteindre.
À la fin des années 1920, l’état précaire dans lequel se trouvait la race finit par alerter des éleveurs et chasseurs, qui se rendirent compte à temps de la gravité de la situation et cherchèrent à préserver ce chien. Parmi eux figurait notamment le docteur Saito, qui travailla d’arrache-pied pour la préservation de la race et dédia sa vie au Shiba Inu. Il parcourut en effet une bonne partie du Japon pour retrouver des individus de pure race – il n’en restait plus que dans des parties isolées et montagneuses du pays -, dans le but de les faire se reproduire et conserver les traits d’origine de la race. À partir des sujets retrouvés et avec le soutien d’éleveurs et d’universitaires, Saito put mettre au point un programme d’élevage.
C’est également grâce aux recherches et au travail du docteur Saito qu’une distinction entre trois types de Shiba Inus fut établie. Chacun portait le nom de sa région d’origine :
Le Shiba moderne descend de ces trois variétés. Si elles furent suffisamment similaires pour être considérées comme faisant partie de la même race, elles présentaient tout de même quelques différences.
En 1928, Saito et le reste du groupe d’éleveurs formèrent avec le soutien de l’État le Nihon Ken Honzonkai, organisme dédié à la préservation des races japonaises, qui encore aujourd’hui en administre les registres officiels et rédige les standards.
Le premier standard du Shiba Inu fut justement établi en 1934, et la race fut reconnue comme Trésor National en 1936.
Ces différentes initiatives permirent d’assurer que les représentants de la race restant soient élevés et reproduits selon des programmes d’élevages minutieusement établis, ce qui permit de la sauver.
Cependant, la Seconde Guerre Mondiale arriva rapidement, et ses conséquences furent désastreuses pour le Shiba. Ses effectifs baissèrent de nouveau drastiquement, et son malheur ne s’arrêta pas là : nombre de ceux qui n’avaient pas péri dans les bombardements furent anéantis par l’épidémie de maladie de Carré qui fit rage en 1952.
Néanmoins, au sortir de la Seconde Guerre mondiale, des éleveurs décidèrent de sauver de nouveau la race et utilisèrent des individus trouvés dans des endroits reculés du pays pour mettre sur pied un nouveau programme d’élevage. Ainsi, les différents types de Shibas existants furent tous croisés entre eux, et de ces croisements naquirent les Shiba Inus que l’on connaît aujourd’hui.
Le standard fut modifié dans la foulée par le Nihon Ken Hozonkai. Il fut rapidement repris par le Japan Kennel Club, qui devint l’organisme canin de référence dans le pays, lors de sa fondation et de la reconnaissance de la race en 1948.
Un Shiba Inu fut importé pour la première fois aux États-Unis en 1954 par la famille d'un militaire américain. D’autres suivirent, mais aucun programme d’élevage digne de ce nom ne fut entamé avant les années 70 ; ainsi, la première portée de Shiba Inus américains ne vit le jour qu'en 1974. Il fallut même attendre 1992 pour que la race obtienne ses lettres de noblesse aux États-Unis : c'est en effet cette année-là qu’un club de race, le National Shiba Club of America, fut fondé, mais aussi et surtout que les deux organismes de référence du pays, l’American Kennel Club (AKC) et le United Kennel Club (UKC), la reconnurent officiellement.
Le Club Canin Canadien (CCC) voisin le fit également cette même année. Auparavant, quelques Shibas avaient été introduits au Canada par des familles immigrantes japonaises, sans pour autant qu’un programme d’élevage ne se mette en place. Quelques individus avaient également été importés des États-Unis dans les années 80 et avaient permis un petit nombre de naissances, mais le phénomène était resté très limité.
La Fédération Cynologique Internationale (FCI) reconnut pour sa part le Shiba Inu dès 1964, année où le Japon fut mis sur le devant de la scène grâce à l'accueil des Jeux olympiques par Tokyo. Elle reprit alors le standard qui avait été établi par le Japan Kennel Club.
Toutefois, ce n'est que cinq ans plus tard, en 1969, qu'un premier représentant de la race posa les pattes en Europe - plus précisément au Danemark. Celle-ci fut également introduite dès l’année suivante en France, en Espagne et en Italie.
Le Royaume-Uni pour sa part ne l’adopta qu’assez tardivement, puisqu’il fallut attendre 1985 pour qu’un premier Shiba Inu arrive dans le pays, en provenance d’ailleurs des États-Unis et non du Japon. Les lignées présentes sur le territoire britannique descendent donc pour une large part des lignées américaines, mais les chiens élevés aujourd’hui dans le royaume ne sont pas vraiment réputés pour leur qualité. L’organisme canin de référence du pays, le prestigieux Kennel Club (KC), reconnut la race en 1987.