Le Berger Allemand est apparu sous sa forme actuelle vers la fin du 19ème siècle, grâce au travail du capitaine allemand Max von Stéphanitz. Créée à partir de différents chiens de berger allemands, cette race connut une dernière amélioration en 1893 par du sang de chiens de bergers écossais.
Son origine remonte pourtant à des temps très anciens, puisque déjà Tacite (54-120 après J.-C.), historien et sénateur romain, évoquait des chiens de bergers dans La Germanie. Un peu plus tard, au 7ème siècle, les lois germaniques punissaient d'une amende de 3 solidis (environ 20€ de nos jours) toute personne coupable du meurtre d'un chien de berger.
Dans l'Allemagne du 19ème siècle, aucune race homogène de chien de berger n'existait. On trouvait plutôt des types régionaux, comme les Bergers de Wurtemberg, le type de Thuringe, mais également des chiens différents en Bavière ou dans la Hesse. Dans les années 1870, sous la houlette de Bismarck, alors que les Français essayaient plutôt de sélectionner différents types régionaux de chiens de berger, les Allemands préfèrent privilégier une race nationale, destinée à être un symbole de la rigueur et de la qualité allemande. Ainsi, dès 1877, certains éleveurs firent une première sélection à partir de deux types : le Berger de Wurtemberg, grand et solide, au poil sombre et épais, à la tête forte et aux oreilles tombantes, et le Berger de Thuringe, au poil court et gris, avec une ossature moyenne et des oreilles droites.
En 1891 est créée Phylax, une première association consacrée aux chiens de bergers allemands. Néanmoins, elle disparaîtra dès 1895, du fait de nombreuses dissensions. En effet, certains éleveurs souhaitaient conserver une ligne d'élevage du Berger de Thuringe, alors que d'autres voulaient mêler Berger de Thuringe et Berger de Wurtemberg, afin d'obtenir un chien rapide et fiable, doté d'un caractère à la fois équilibré et dur.
En 1897, Max Frederic Emil von Stephanitz, officier de cavalerie revenu à la vie civile à la suite de son mariage et considéré comme le « père » de la race, acheta une propriété près de Grafrath, en Bavière. Il décida d'y installer un élevage de chiens, s'intéressant alors principalement à l'amélioration des chiens de berger, souhaitant créer un chien utilitaire parfait et intelligent, aux sens aiguisés et à la capacité de travail supérieure. Il participa ainsi à des expositions de chiens présentés par d'autres élevages et acheta son premier chien en 1899, Hektor Linkrshei, changeant par la suite son nom en Horand von Grafarth. Ce dernier, à la robe grise et jaune et de type Berger de Thuringe, fut le premier Berger Allemand enregistré au Livre des Origines de la race. Il l'utilisa comme étalon, point de départ de la race des Bergers Allemands, et produisit avec lui 53 portées de 35 femelles différentes, donnant 149 chiots également enregistrés au Livre des Origines de la race.
Le 22 avril 1899, von Stéphanitz créa le Club du Berger Allemand, le « Verein für Deutsche Schäferhund », aussi appelé en abrégé SV (Schäferhund Verein) et traduit en français par « Union du Chien de Berger Allemand ». Le 28 septembre 1899, le premier standard de la race fut publié au cours de sa première assemblée générale à Francfort.
Ce premier texte fut complété lors d'assemblées des membres s'étant tenues en 1901 et en 1909, puis lors de la réunion du comité directeur et du comité consultatif à Wiesbaden en 1930, ainsi qu'à la suite de la séance de la commission d'élevage et du comité directeur en 1961. Le texte fut encore revu dans le cadre de la WUSV (Weltunion der Vereine für Deutsche Schäferhunde, ou Union mondiale des Sociétés du Berger Allemand). Le standard fut finalement remanié et restructuré en 1991 par décision ayant force de loi des comités directeurs et consultatifs.
Von Stephanitz annonce dans son standard la ligne de conduite qui sera conservée jusqu'à nos jours, qui veut qu'un Berger Allemand soit avant tout un chien de travail. Selon lui, « est Berger Allemand tout chien de berger qui vit en Allemagne et qui, grâce à un exercice constant de ses qualités de chien de berger, atteint la perfection de son corps et de son psychisme, perfection appréciée uniquement sous l’angle de l’utilité ».
Alors que le 19ème siècle fut marqué par la révolution industrielle et que beaucoup de chiens de berger disparurent en même temps que les bergeries dans le cadre de l'industrialisation et de l'urbanisme, von Stephanitz reconvertit son protégé et s'employa à persuader les autorités allemandes d'utiliser cette race de chien. Sa robustesse, son flair hors pair et son obéissance à toute épreuve surent notamment convaincre la police allemande de l'utiliser. On retrouva alors des Bergers Allemands dans l'armée, la police, les douanes, mais aussi dans les administrations, les ports ou les chemins de fer.
La Première Guerre mondiale fournit au Berger Allemand l'opportunité de faire ses preuves : qu'ils aient servi comme chiens sentinelles, chiens sanitaires, auxiliaires de patrouilles ou encore chiens messagers, plus de 100.000 représentants de la race furent mobilisés comme chiens de guerre.
Au lendemain de la guerre, grâce aux récits des anciens combattants narrant les exploits de cette race de chien, l'excellente réputation du Berger Allemand se répandit partout dans le monde. Dans le même temps, les premiers Bergers Allemands guides firent leur apparition pour assister les mutilés de guerre.
En 1920, Georges Barais, un industriel français du textile, créa la Société du Chien de Berger d'Alsace (la fin des hostilités étant trop proche pour donner au chien son nom d'origine), avant que son appellation ne soit modifiée en Société du Chien de Berger Allemand moins de deux ans plus tard.
Le Berger Allemand fut très demandé durant les années d'après-guerre, si bien que les éleveurs de Berger Allemand le produisirent en nombre pour satisfaire aussi bien leurs concitoyens que les pays étrangers de plus en plus passionnés par la race. Il s'ensuivit un éloignement du type, avec des chiens de plus en plus grands et hauts sur pattes, au caractère douteux.
Pour prévenir ces excès, le Körbuch, un livre de sélection qui complète le Livre des Origines, fut créé en 1922. Seuls les sujets aptes à la reproduction pouvaient y être enregistrés, après examen par un juge.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, le Berger Allemand fut utilisé sur tous les fronts et par toutes les armées du monde. Malheureusement, au lendemain de la guerre, injustement associé aux nazis, il provoquait la méfiance, et cessa d'intéresser les acheteurs étrangers. Hitler lui-même posséda d'ailleurs plusieurs Bergers Allemands, dont la femelle Blondi, qui l'accompagna dans la mort en avril 1945.
C'est seulement dans les années 50 que la race recommença à se développer. L'histoire moderne du Berger Allemand commença d'ailleurs avec le Championnat d'Allemagne de 1951, où la consécration d'un sujet à la morphologie différente marqua fortement l'évolution physique de la race. En effet, le chien Rolf vom Osnabrücker Land était très typé et se caractérisait par des innovations morphologiques, surtout au niveau de la puissance du cou et des épaules.
Les années 70 marquèrent également un second tournant dans l'histoire de la race, avec l'apparition de la silhouette au dos descendant.
