Les passionnés ont créé de nombreux hybrides en croisant le Cairn Terrier avec d’autres races.
De par leur proximité géographique, le métissage entre Cairn Terriers et West Highland White Terriers était courant en Grande-Bretagne et aux États-Unis au moment de la reconnaissance de la race par les organismes officiels. Cette pratique se raréfia avec d’une part l’interdiction en 1917 d’inscrire des Cairn Terriers issus d’un tel croisement au registre de l’American Kennel Club (AKC), et l’interdiction de la couleur blanche par le Kennel Club britannique en 1923. Cela n’empêche pas certains éleveurs de continuer à croiser ces deux races : l’hybride obtenu est appelé Cairland Terrier. Il n’est pas reconnu par les organismes « classiques », mais l’est en revanche par la plupart de ceux spécialisé justement dans les chiens hybrides.
Le métissage entre le Cairn Terrier et le Scottish Terrier était plus occasionnel. Baptisé Bushland Terrier, le chien qui en découle n’est pas non plus reconnu par les organismes traditionnels.
Enfin, parmi les croisements les plus populaires de nos jours, on peut citer le Cairmal (Cairn Terrier & Bichon Maltais), le Cairn Corgi (Cairn Terrier & Welsh Corgi Pembroke ou Cardigan), le Cairnoodle (Cairn Terrier & Caniche), le Carkie (Cairn Terrier & Yorkshire), le Carnauzer (Cairn Terrier & Schnauzer) le Doxie Cairn (Cairn Terrier & Teckel), le Jacairn (Cairn Terrier & Jack Russell) et le Toxirn (Cairn Terrier & Chihuahua). Aucune de ces races hybrides n’est actuellement reconnue.
