En elle-même, la reproduction du Border Collie ne pose pas de problèmes particuliers, mais certains « mariages » sont déconseillés, voire interdits.
La durée de gestation d’une femelle Border Collie est de 60 à 64 jours, ce qui est dans la moyenne.
La femelle Border Collie donne généralement naissance à 4 à 8 chiots par portée, ce qui est dans la moyenne des races de taille similaire.
Afin d’éviter au maximum la transmission de tares héréditaires, les « mariages » entre Border Collies à robe merle (c’est-à-dire dont le pelage arbore des taches sombres irrégulières sur un fond plus clair) sont de plus en plus proscrits par les organismes cynologiques de référence.
En effet, lorsque deux individus merle s’accouplent, la portée comprend en moyenne 50% de chiots merle, 25% de chiots non merle et 25% de chiots appelés « double merle » car ils héritent de deux allèles merle transmis par leurs parents. Or, on a constaté que ces derniers présentent 3 à 15 fois plus de risques que les individus merle d’hériter d’anomalies génétiques, notamment oculaires et auditives.
